El Sistema de Bibliotecas cuenta con ocho (8) salas especializadas, clasificadas por áreas del conocimiento y tipos de recursos de información, como son:
- Sala Museo Monseñor Hugo Eduardo Polanco Brito.
- Sala Archivo Histórico Documental Inchaustegui Cabral.
- Herbario Rafael Moscoso.
- Sala de la Mediateca Itinerante del Centro León
- Sala Museo Rafael Herrera Cabral.
- Sala Museo Monseñor Agripino Núñez Collado
- Centro de Documentación e Información Educativa (CEDIE)
- Centro de Información y Documentación para el Desarrollo (CIDD) PUCMM-Banco Mundial.